I molti ambienti vegetazionali della palude più o meno conservati sono tutti determinati dal livello e dalla portata della falda idrica; vanno dai microambienti delle polle di risorgiva al bosco igrofilo dove domina l’ontano (Alnus glutinosa)
Maggior interesse naturalistico rivestono le specie microterme che costituiscono le principali emergenze floristiche.

Si tratta di piante normalmente frequenti a maggiori latitudini e altitudini, la cui presenza ad Onara è possibile grazie al microclima freddo delle risorgive la cui temperatura non supera mai i 14° C nemmeno in estate. Queste presenze vengono interpretate come “relitto glaciale”, che erano diffuse nella pianura durante le glaciazioni. Alcune delle specie sono: Parnassia palustris, Polygonatum multiflorum, Anemone nemorosa, Eriophorum latifolium e molte altre. L’Eriophorum si può notare nei prati umidi di montagna o nei terreni bagnati ad Onara per i suoi appariscenti pennacchi sericei simili a fiocchi di cotone che a gruppo sembrano resti di neve!Nelle risorgive è presente una pianta rara: l’Euphrasia marchesettii. Si tratta di una Scrophulariacea che vive nell’ambiente del giunco nero palustre (Schoenus nigricans). Piccola ed esile, con fiori poco appariscenti bianchi che sfumano nel violetto, è endemica della Palude di Onara ed a causa di bonifiche, drenaggi e inquinamento il suo ambiente è ormai ridotto ed essa è in imminente pericolo di estinzione.
Così i relitti glaciali delle associazioni Orchio-Schoenetum nigricans presso Ponte Nuovo sono in pratica scomparsi, ma evidentemente la situazione è abbastanza generale per tutta la palude.
E’ da rilevare, infine, come quasi tutte le aree interessate da macchie boscate presentino attualmente livelli di degrado accentuato, tale da richiedere un intervento (dove possibile) mirato al ripristino delle loro caratteristiche originarie previa eliminazione di specie infestanti o estranee.
La conformazione tipica della Palude è quella dell’Ontaneto, ridotta ormai a pochi lembi dal progressivo degrado soprattutto da tagli e incendi. Ove il terreno sia soggetto anche a prosciugamenti, con consistente alterazione della copertura arborea, è quasi impossibile ripristinare la situazione originaria; si può solo intervenire introducendo specie caratteristiche del bosco planiziale (querce, carpini, frassini).
Si assiste, dunque, ad una crescente riduzione della biodiversità, parametro fondamentale da cui dipende la sensibilità dell’ecosistema